A Bolyai Önképző Műhely stratégiai szempontból együttműködik más szervezetekkel. Meglévő kapcsolatok:
- Esszencia Egyesület (korábbi BOM-tagok szervezete)
- Magyar Szemiotikai Társaság
- Inter Kultúra-, Nyelv- és Médiakutató Központ Kft.
- Nemzeti Tehetségsegítő Tanács
- Magyar Tehetségsegítő Szervezetek Szövetsége
- Diák- és Ifjúsági Újságírók Országos Egyesülete
- Magyar Nyelvstratégiai Kutatócsoport
- Magyar Nyelvi Szolgáltató Iroda
A Bolyai Önképző Műhely tagja a Nemzeti Tehetségsegítő Tanácsnak, valamint a Magyar Tehetségsegítő Szervezetek Szövetségének.